Abaixo alguns scripts úteis no conditiano de manipulação de arquivos em Modelagem Molecular
dice2pdb.pl- Script em Perl que lê uma configuração no formado XYZ gerado pelo Dice e a transforma no formato PDB.
> download: dice2pdb.pl
> exemplo de comando: $ ./dicetopdb.pl conf.xyz
get_last_dice_config.py- Script em Python que lê uma trajetória no formado XYZ gerado pelo Dice e extrai a configuração desejada.
> download: get_last_dice_config.py
> exemplo de comando: $ ./get_last_dice_config.py traj_MC.xyz
xraymol.pl- Script em Perl que lê as coordenadas cartesianas (XYZ) de uma molécula e identifica as conexões, ligações, ângulos e diedros.
> download: xraymol.pl
> exemplo de input: etanol.xyz
> exemplo de output: etanol.xray
> exemplo de comando: $ ./xraymol.pl etanol.xyz
xraycomp.pl- Script em Perl que usa as saís do xraymol para comparar detalhadamente as diferenças de geometria (distâncias de ligação, ângulos e diedros) de uma mesmo tipo de molécula.
> download: xraycomp.pl
> exemplo de inputs: qb1.xray , qb2.xray
> exemplo de output: qb1_qb2.xraycon
> exemplo de comando: $ ./xraycomp.pl qb1.xray qb2.xray